К. П. Ягодовский оқу бағытын «Табиғат ғылымы» оқу пәнінің зерттеулеріне бастап . Бұл пәннің оқыту әдістерін арнайы мектептерде қарастырды, оларды ақыл-ойлы қатаң оқушылардың танымдық процестеріне психологиялық-педагогикалық басқару деп санайды .
Оның еңбектерінде алғашқы мектепке дейінгі балалардың табиғатты зерттеп, психологиялық қажеттілігі анықталды . Оның пікірінше, бастауыш мектептің табиғи ғылым жүйесін құру кезінде мақсатты болуы мүмкін екенін болжайды деп санаған .