Нджамена была основана в 1900 году французскими колонизаторами как военный опорный пункт под названием Форт-Лами .
Город был назван в честь погибшего перед этим в битве французского командующего Франсуа Лами . С 1904 года он входил в состав французской колонии Убанги-Шари, а в 1910 году стал относиться к Французской Экваториальной Африке .
С 1958 по 1960 года Форт-Лами был столицей автономной Республики Чад, а после 1960 года — столицей независимой Республики Чад . Современное название города используется с 1973 года .