Кызылжарский район образован в 1967 году Указом Президиума Верховного Совета Казахской ССР от 2 января 1967 года как Бишкульский район .
18 апреля 1997 года Бишкульский район объединён с Соколовским районом в рамках проводившейся в Казахстане административно-территориальной реформы и переименован в Кызылжарский .