Игорь Рыбаков в 1989 году окончил среднюю школу №56 с углублённым изучением математики в Магнитогорске . Параллельно с этим он учился в заочной физико-технической школе при Московском физико-техническом институте (МФТИ) .
Затем Рыбаков поступил на факультет физической и квантовой электроники МФТИ, который окончил в 1996 году по специальности «инженер-физик» .