Айдын Аимбетов в 1993 году окончил Армавирское высшее военное авиационное училище по специальности «командная тактическая истребительной авиации» и получил квалификацию лётчика-инженера .
В 2006 году он окончил физико-математический факультет Жетысуского государственного университета имени И. Жансугурова по специальности «физика и информатика» .