Андрей Мельниченко учился в специализированном учебно-научном центре Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова (СУНЦ МГУ) .
В 1989 году он поступил на физический факультет МГУ, но позднее перевёлся в Российский экономический университет имени Г. В. Плеханова, который и окончил по специальности «Финансы и кредит» .