Пепсин активируется в желудке при воздействии на него соляной кислоты .
Главные клетки слизистой оболочки желудка секретируют, резервируют и выводят неактивную форму пепсина — профермент пепсиноген . Превращение пепсиногена в пепсин происходит в результате отщепления с N-концевого участка пепсиногена нескольких пептидов, один из которых играет роль ингибитора .
Процесс активации идёт в несколько стадий и катализируется соляной кислотой желудочного сока и самим пепсином (автокатализ) . Соляная кислота создаёт кислую среду, которая позволяет пепсиногену разворачиваться и расщепляться, образуя пепсин (активную форму) .