В 1948–1950 годах Витаутас Жалакявичюс учился на факультете электроники Каунасского университета по специальности радиоинженера, изучал там математику и инженерное дело .
В 1951 году он поступил во ВГИК, где учился режиссуре у М. Э. Чиаурели и Г. В. Александрова .