Елена Малышева родилась 13 марта 1961 года в городе Кемерово Кемеровской области .
Училась она в средней школе №19 г. Кемерово, которую окончила с золотой медалью . Затем поступила на лечебный факультет Кемеровского медицинского института, который окончила с красным дипломом в 1983 году .