Санжар Асфендияров қазақстандық медицинаның дамуына келесі үлес қосты:
1928 жылдан 1931 жылға дейін Қазақ мемлекеттік университетінің алғашқы ректоры болды . Ол университетте медицина факультетін ашып, онда студенттерге дәріс беріп, медицина ғылымын дамытуға үлкен үлес қості .
Асфендиярұлы 1919–1920 жылдары Түркістан университетінде арнайы медициналық факультетті ұйымдастыру жұмысына белсенді қатысты . Осы еңбегінің арқасында, көп ұзамай жергілікті ұлт өкілдерінен алғаш білімді дәрігер мамандар шыға бастады .
1932 жылы жауапты қызметкерлер тобының құрамында КСРО Ғылым академиясының Қазақстандық базасын құру бойынша жұмыста жетекшілік жүргізіп, оның ғылыми кеңесінің құрамына кіріп, республиканың ірі ғылыми орталығына айналды .