Биоэнергетиканың негізгі принциптері мыналарды қамтиды:
Энергияның сақталу заңы . Энергияның бір формасынан басқаға өзгеруі мүмкін емес, ол тек құрылған болуы мүмкін .
Термодинамиканың екінші заңы, энергияның бөлігі қызмет үшін толықтырылмауы мүмкіндігі бар .
Биомассаның энергияға айналдыру процестері . Бұл термохимиялық конверсия, пиролиз, газификация және биомассаны қысу .
Энергетикалық реакциялар . Бұған жануарларда энергияның шығарынуы немесе қабылдауының процестері жатады .