Бактериялық плазмидалар клондау процесінде генетикалық материалды бір-бірімен байланыстыруға көмектеседі . Бұл үшін плазмидтерді кесіп, фрагменттерін бір-бірге қосып «тігеді», содан кейін комбинацияланған плазмидалдарды жасушаға енгізіледі .
Бактериофагтар клондау кезінде бактериялық ДНК-ны таратуға көмек көрсетеді . Олардың көмегімен бактериялардың геномын өзгертіп, оны жақын жасушаларға ауыстыру мүмкіндігі бар .