Ипотекалық несиені өтеудің ең тиімді әдістері туралы ақпарат табылмады. Алайда, Қазақстанда ипотекалық несиелеудің қазіргі уақытта келесі мәселелер бар: - коммерциялық банктердің ипотекалық несиелендіру бойынша пайыз ставкасының жоғары болуы; - ипотекалық несиенуді алуға арналған көп шығындардың болуы, мысалы, жылжымайтын мүлік бағасын бағалау, неке қиылғандығы туралы куәлік, жалақы туралы анықтама және т.б.; - аннуитеттік төлем сызбасы бойынша ипотекалық несіені төлеу, яғни өтеу мерзімі бойынша біркелкі өтем мөлшерлі төлемдер жүзеге асырылады.