Пиримидин туындыларының медицинада қолдануына мыналар жатады:
- Антибиотиктер . Мысалы, пиримидин сулфамидтері .
- Қарсы вирустарлық құралдар . Мысалы зидовудин, тенофовир .
- Қарсы өмірлік аурулар . Мысалы фторафур, блеомицин .
- Антигельминттік құралдар, мысалы пирантел .
- Антимикотиктер, мысалы вориконазол .