Иммундық жүйенің қызметі ағзаны жұқпалы инфекциялардан, ісіктерден және табиғи жай заттардың зиянды әсерінен қорғауға мүмкіндік береді .
Иммундық жүйе ағзадағы физиологиялық реттеудің көптеген аспектілеріне қатысады . Мысалы, оның қызметінің бір бөлігі — эмбриогенезде (эмбрионның дамуы) және тіндердің қалпына келуі мен регенерациясында шешуші рөл атқарады .