Лактобактерии в организме человека обитают в различных отделах желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) — от полости рта до толстой кишки .
В желудке встречаются отдельные штаммы лактобактерий, которым по вкусу низкий рН . В тонкой кишке их немного больше, и в основном они обитают в пристеночном пространстве . Больше всего лактобактерий и по количеству, и по видовому составу обитает в толстой кишке .
Ещё одно место обитания лактобактерий — вульва и влагалище . Присутствие лактобактерий на наружных половых органах у женщин необходимо для защиты слизистой оболочки от патогенных факторов и обеспечения препятствия для попадания инфекции внутрь .