Антибиотиктерді қолдану зәр шығару жүйесінің микрофлорасына келесі әсерлерге әкеледі:
- Микроорганизмдердің өзгерістері . Антибиотик терапиясынан кейін бактериялардың L-формасы пайда болуы мүмкін .
- «Қажетті» микроорганизмдер жою . Антибиотик қабылдағаннан кейін ішектегі «қажетті», бірақ ағзада зиянды микроорганизмдерден де өлтіріледі .
Антибиотиктермен емделу кезінде бактерияларда жүре пайда болған антибиотиетерге тұрақтылық пайда болады . Мысалы, пенициллин микроплазмаларға әсер етпейді, себебі оларда антибиотик әсер ететін пептогликан жоқ .