Жоңғар хандығында діни қызметкерлердің рөлі имамдар мен муллалар болып саналды . Олар мешіттер мен медреселерді құрып, діни мәселелерді шешуге көмектесті .
Жоңғарлардың бір бөлігі 1754 жылы ислам дінін қабылдады . Бұл кезеңде Қашқар билеушісі Юсуф/Жүсіп көтеріліс жасап, сол жердегі жоңғардарды күшпен ислам дініне кіргізеді .