В сентябре климат в Панкратовском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 18 градусов тепла. В среднем в сентябре в Панкратовском 17 дней с переменной облачностью, 10 ясных, 2 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в августе Панкратовский cчитается местом, комфортным для посещения.